Als Teil des Landestheaters Niederbayern ist das Stadttheater Passau dessen musikalische Abteilung mit eigenem Opernesnemble inklusive Solisten, Chor und Orchester. Das Orchester des Stadttheaters ist die Niederbayerische Philharmonie unter der Leitung von Generalmusikdirektor Basil H. E. Coleman.

Im Dezember 2008 feierten das Landestheater Niederbayern und die Stadt Passau gleich zwei Jubiläen: 225 Jahre Fürstbischöfliches Opernhaus und 125 Jahre Stadttheater.

Aufgrund der Schäden durch das Hochwasser vom Juni 2013 musste das Stadttheater noch im Herbst des Jahres kurzfristig instand gesetzt werden. Die Spielzeit 2013/2014 konnte weitestgehend wie geplant im provisorisch sanierten Theater stattfinden. Die eigentliche Hochwassersanierung, bei der der ursprüngliche Zustand des Hauses wiederhergestellt und verschiedene Hochwasserschutzmaßnahmen umgesetzt wurden erfolgte von Juni 2014 bis Januar 2015. Das Theater wurde am 18. Januar 2015 mit einem Festakt offiziell wiedereröffnet.