Das Gebiet um den Giebichenstein-Felsen zählt zu den ältesten Siedlungsgebieten der Gemarkung Halle. Mit Beginn des frühen 9. Jahrhunderts wurde es Teil des fränkischen Reiches. Die Salzproduktion im benachbarten Wittekindtal, die strategisch günstige Lage des Felsens an einem Flussübergang und die Nähe wichtiger Handelsstraßen prädestinierten dieses Territorium für den Bau einer Burg. Im Jahre 961 übereignete König Otto I. dem Magdeburger Moritzkloster den Burgort Giebichenstein auf dem Gelände des heutigen Amtsgartens. Von dieser alten Anlage sind keine Reste erhalten. Die neue Burg, die Oberburg, wurde als repräsentativer Palast im 12. und 13. Jahrhundert auf dem Felsen Giebichenstein errichtet.

Die freigelegten Gebäudereste des Palastes und Wohnturms mit Pfeilern sowie Kaminen verdeutlichen, dass die Oberburg als Residenz- und Verwaltungssitz der Magdeburger Erzbischöfe gedient hat. Seit Ende des 14. Jahrhunderts war sie die Hauptresidenz der Magdeburger Erzbischöfe in ihrer Funktion als Stadtherren von Halle. Zudem stellte die Oberburg eine Zoll- und Münzstätte dar.

In der Mitte des 15. Jahrhunderts erfolgte die Errichtung der Unterburg, dem Sitz der heutigen Burg Giebichenstein, Kunsthochschule Halle. Das im Burghof stehende Kornhaus entstand im Jahre 1473. Im Westflügel wurden bis in das Jahr 1500 hinein die Residenz, das Speise- und Brauhaus gebaut. Da der Magdeburger Erzbischof bereits 1503 in die neu errichtete Moritzburg innerhalb der Stadtmauern umzog, wurde die Unterburg Zoll-, Wirtschafts- und Verwaltungssitz. Nach einem verheerenden Brand im Jahre 1636 wurde nur die Unterburg wieder aufgebaut.

Der idyllisch anmutende Amtsgarten und die Ruine Giebichenstein faszinierten Romantiker wie Johann Friedrich Reichardt, und regten zu literarischem Schaffen an.